Žuvinto biosferos rezervate yra didelė biotopų įvairovė. Todėl aptinkame daug saugomų buveinių, augalų ir gyvūnų rūšių.

Svarbios Europai buveinės: pelkiniai miškai, pelkiniai lapuočių miškai, aliuviniai miškai, skroblynai, žolių turtingi eglynai, aktyvios aukštapelkės, tarpinės pelkės ir liūnai, degradavusios aukštapelkės, šarmingos žemapelkės, aliuvinės pievos, mezofitų šienaujamos pievos, melvenynai, eutrofiniai aukštieji žolynai.

Svarbūs Europai augalai: dvilapis purvuolis (Liparis loeselii (L.)), pelkinė uolaskėlė (Saxifraga hirculus L.).

Svarbūs Europai perintys paukščiai: nendrinės lingės (Circus aeruginosus), pievinės lingės (Circus pygargus), tetervinai (Tetrao tetrix), švygždos (Porzana porzana), plovinės vištelės (Porzana parva), gervės (Grus grus), tikučiai (Tringa glareola), vidutiniai geniai (Dendrocopos medius), baltnugariai geniai (Dendrocopos leucotos), mėlyngurklės (Luscinia svecica), meldinės nendrinukės (Acrocephalus paludicola), didieji baubliai (Botaurus stellaris).

Visas Žuvinto biosferos rezervatas patvirtintas kaip svarbia Europai migruojančių vandens paukščių sankaupų vieta.

Rastos į Lietuvos raudonąją knygą įrašytos paukščių – 58 rūšys, augalų – 30 rūšių, grybų – 6 rūšys, bestuburių – 20 rūšių, žuvų – 1 rūšis, varliagyvių – 2 rūšys, žinduolių – 6 rūšys.