Miškai Žuvinto biosferos rezervate užima 1/3 teritorijos, apie 6000 ha. Išskiriami 3 didieji masyvai: Buktos giria, mišku apaugusios Žuvinto ir Amalvo pelkės.
Buktos giria vertingais skroblynais, retomis augalų rūšimis ir jų bendrijomis garsėjantis lapuočių ir mišrus miškas. Jos plotas 3200 ha. Miškas labai natūralus, kultūrinės kilmės medynų tik 4 proc., vyrauja derlingos augimvietės. Miške nereti įspūdingų dydžių medžiai, daugiausia ąžuolai. Ši giria yra vertinama kaip Lietuvos vidurio lygumos mišriųjų miškų etalonas. Joje peri nemažai saugomų paukščių, tokių, kaip juodasis gandras, mažasis erelis rėksnys, gervė, pilkoji meleta, baltnugaris ir vidutinis margasis geniai. Buktos girioje specialiai saugomos Europos Bendrijai svarbios paukščių rūšių: gervių, baltnugarių ir vidutinių genių perėjimo vietos. Čia taip pat randamos Europoje saugomos skroblynų, aliuvinių miškų, pelkėtų lapuočių miškų, žolių turtingų eglynų buveinės.
Buktos miške yra du nuo 2003 m. į saugomų gamtos objektų sąrašą įrašyti ąžuolai. Grįstakelio ąžuolas yra 28 m aukščio, kamieno skersmuo 1,46 m, apimtis 5,01 m (1,3 m aukštyje); auga Buktos miško 56 kv., 6 sklype; amžius nenustatytas. Buktos ąžuolas (jau nudžiūvęs) yra 28 m aukščio, kamieno skersmuo 1,43 m, apimtis 4,48 m (1,3 m aukštyje), Buktos miško 23 kv, 6 sklype.
Žuvinto ir Amalvo pelkių miškuose vyrauja pušynai 80%, beržynai ir juodalksnynai po 8%, eglynai ir drebulynai po 0,5%. Vyrauja pribręstantys ir pusamžiai, šiek tiek mažiau brandžių medynų. Aukštapelkėse kur labai prastos augimvietės auga pušys, labiau susimineralizavus durpei beržai. Apie aukštapelkes esančiose žemapelkėse vyrauja juodalksnynai.