Vandenys

Beveik visa biosferos rezervato teritorija patenka į Dovinės (dešinysis Šešupės intakas) baseiną, ir tik Žaltyčio ežerą su apylinkėmis drenuoja nedidelis Želsvelės upelis (dešinysis Šešupės intakas). 

Ežerai

Žuvinto biosferos rezervate yra 3 eutrofiniai ežerai: Žuvinto, Amalvo ir Žaltyčio. Šie ežerai susiformavo paskutiniojo ledynmečio laikotarpiu, prieš 10 tūkst. metų. 

Žuvintas – reliktinis ežeras, tik nedidelė kadaise buvusio milžiniško ežero dalis. Holocene, prieš 10 tūkst. metų, ežeras buvo apsėmęs beveik visas Palias 6800 ha. Seklus, iki 6 m gylio ežeras labai greitai pradėjo pelkėti. Dabartinais Žuvinto ež. plotas 965 ha. Ežeras seklus, didžiausias jo gylis tesiekia 2,5 m., o vidutinis – 0,6 m., vidutinis dumblo gylis 3 m.

Vešli augalija yra išskirtinis Žuvinto ež. ir jo pakrančių bruožas. Dėka ežero fizinių sąlygų, maistmedžiagių, patenkančių iš baseino gausos, nevykdomos ūkinės veiklos Žuvinto ežeras intensyviai apauga. Žuvinto biosferos rezervato direkcijoje atlikus 1951 ir 2005 m. ortofoto nuotraukų analizę, nustatyta, kad nuo 1951 iki 2005 m. viršvandenine augalija padengtas Žuvinto ež. plotas padidėjo 72,8 ha. Per šį laikotarpį dėl apaugimo viso Žuvinto ežero plotas sumažėjo 81,1 ha. Tokiu būdu, per 54 metus nuo 1951 iki 2005 m. viršvandenine augalija apaugo 153,9 h ežero plotas, arba vidutiniškai apie 2,85 ha per metus.

Dabar beveik 40 proc. ežero užima viršvandeninė augalija, sudaryta iš nendrynų, švendrynų, meldynų. Ežerui būdingos plaukiojančios salelės vadinamos „kinimis“.

Amalvo ežeras užima apie 190 ha. Jis liekaninis, stipriai eutrofizuotas. Kilmė ir vystymasis labai panašus į Žuvinto ežerą, tik plotas žymiai mažesnis. Didžiausias gylis 2,9 m., vidutinis gylis 1 m., dumblo gylis iki 2 m. Jį iš visų pusių, išskyrus rytinę, supa Amalvo pelkių kompleksas. Į ežerą ir įteka, ir išteka Amalva, aukštupyje vadinama Šlavanta, 25,6 km. ilgio, baseino plotas 137,4 km². Vandens augalija yra skurdi, nes per Amalvos upę pakliuvo didelis teršalų kiekis.

Pietvakariniame Žuvinto rezervato pakraštyje yra Žaltyčio ežeras – 256 ha., kuris priklauso 3,4 km. ilgio Želsvelės baseinui (plotas 21,8 km²). Didžiausias gylis 4 m., vidutinis gylis 2 m. Dugnas smėlėtas padengtas storu dumblo sluoksniu vietomis siekiančiu 2 m., auga didžiuliai maurabragių (Chara spp.) plotai. Šis ežeras svarbus paukščių apsistojimui per migracijas. Rudenį ir pavasarį galima matyti migruojančių vandens paukščių pulkus.

Be šių ežerų Žuvinto aukštapelkėje yra keli ežerėliai. Vakarinėje Žuvinto aukštapelkės dalyje telkšo unikalus apie 0,3 ha Polimo ežerėlis, o aukštapelkės Rudės plynėje - keli atviri distrofiniai ežerėliai, susiformavę prieš kelis dešimtmečius.

Upės

 Tekėdama Dovinės upė (67,8 km ligio dešinysis Šešupės intakas) keletą kartų keičia savo pavadinimą. Nuo Dusios ežero iki Simno ežero ji vadinama Spernia, tarp Simno ežero ir Žuvinto – Bambena, ištekėjusi iš Žuvinto ežero – Dovine. Bambenos atkarpa biosferos rezervato teritorijoje dalinai sureguliuota.

Pietrytinio palių pakraščio žemapelkėmis atiteka stambus kairysis Bambenos intakas Kiaulyčia, beveik visas sureguliuotas.

Iš pelkinių Žuvinto intakų svarbiausia yra Rudė, kuri atiteka iš pietvakarinės palių dalies ir įteka į pietinę ežero įlanką. Tai bene vienintelė didesnė nemodifikuota vandens tėkmė biosferos rezervato teritorijoje. Dovinė, ištekėjusi iš Žuvinto rezervato ir kirtusi galinės morenos ruožą, toliau į vakarus teka pietiniu sukultūrintu Amalvo pelkės pakraščiu; čia ją papildo Amalvės-Šlavantos vandenys. Šioje atkarpoje Dovinė ištisai sureguliuota.