Žuvinto biosferos rezervato teritorijoje yra daug vertingų biotopų. Žuvinto gamtiniame rezervate galime aptikti aktyviąsias aukštapelkes, tarpines pelkes, žemapelkes, aukštapelkinius pušynus, šlapiuosius juodalksnynus, bei eutrofinį Žuvinto ežerą. Amalvo draustinis nukentėjo nuo melioracijos, todėl aptinkame degradavusias aukštapelkes, nusausintus ir užaugusius krūmais didelius žemapelkių plotus. Šalia Žuvinto ežero esančiame Kiaulyčios draustinyje yra vertingos pievų bendrijos. Buktos miške galime aptikti vertingas plačialapių miškų, šlapiųjų juodalksnynų, skroblynų bendrijas.

Labiausiai Žuvinto vardą išgarsino paukščiai. Ežere buvo labai daug paukščių, kurie viliojo tyrinėtojus jau XIX amžiuje. Iš viso Žuvinto biosferos rezervate nuo 1980 m. yra stebėtos net 227 sparnuočių rūšys, iš kurių 153 rūšys čia perėjo ar peri. Žuvinto rezervate migracijų metu apsistoja įspūdingi varnėnų, šiaurinių žąsų, Lietuvoje saugomų pilkųjų žąsų bei gervių pulkai. Rezervate peri daug saugomų paukščių rūšių: didysis baublys, gervė, tetervinas, didžioji kuolinga, meldinė nendrinukė, juodasis gandras ir kt.

Žuvinto rezervate yra rasta 108 samanų, 105 dumblių, 107 grybų ir daugiau nei 600 rūšių aukštesniųjų augalų. Tokia didelė augalų įvairovė yra galima dėl didelės biotopų įvairovės.

Žuvinto rezervate užfiksuota apie 2000 vabzdžių, 5 roplių ir 10 varliagyvių rūšių. Rezervate aptikta virš 40 rūšių žinduolių. Tai ir vilkai, briedžiai, šernai, lapės, kanadinės audinės, bebrai, smulkūs graužikai. Žuvinto ežere gyvena Lietuvoje saugomos ūdros. Gyvenvietėse aptinkamos šikšnosparnių kolonijos. Vien tik Žuvinto ežere aptinkamos 22 žuvų rūšys. Lydekos, karšiai, lynai, vijūnai bei kt.