Žuvinto biosferos rezervate direkcijos, Aplinkos ministerijos, mokslo institucijų pastangomis vykdomi stebėjimai ir apskaitos pagal rezervato gamtos tyrimų programą bei Valstybinę monitoringo programą. Vandens lygio stebėjimai Žuvinto aukštapelkėje, Žuvinto ež. vandens hidrocheminiai ir hidrobiologiniai tyrimai, fenologiniai stebėjimai, veikia meteorologinių stebėjimų postas.

Rezervato direkcija vykdo saugomų atskirų augalų ir gyvūnų rūšių radviečių inventorizavimą ir kartografavimą; stambiųjų žinduolių (medžiojamų žvėrių), pelkių perinčių paukščių, Žuvinto ež. perinčių vandens paukščių, Žuvinto, Žaltyčio ir Amalvo ež. vandens paukščių apskaitas. Taip pat vykdomos retųjų paukščių rūšių, migruojančių gervių ir žąsų sankaupų apskaitos.

Nacionalinė miškų inventorizacija pradėta vykdyti 1998 m. siekiant sukurti Lietuvos miškų monitoringą, operatyviam, su iš anksto planuotu tikslumu, šalies ar atskiro rajono svarbiausių miškų rodiklių įvertinimui. gauti duomenys naudojami oficialiai statistikai apie Lietuvos miškus paruošti. Žuvinto biosferos rezervate yra įsteigti 5 pastovūs nacionalinės miškų inventorizacijos bareliai.

Žuvų bendrijų ir populiacijų būklės Žuvinto ežere monitortingas pagal Ekologijos instituto programą vykdomas nuo 1993 metų. Žuvų monitoringui pasirinkti pagrindiniai populiaciniai ir specialūs parametrai, kurie reprezentatyviai atspindi populiacijų būklę.

Meteorologiniai ir hidrologiniai stebėjimai Žuvinto biosferos rezervate atliekami nuo 1965 metų. Biosferos rezervato meteorologiniame poste atliekami kasdieniniai atmosferos reiškinių stebėjimai, nustatoma sniego dangos aukštis, sniego slūgsojimo charakteristika, matuojamos maksimalios ir minimalios oro temperatūros paros laikotarpyje, kiti meteorologiniai reiškiniai.

Žuvinto ežere pastovūs kasdieniniai hidrologiniai stebėjimai atliekami nuo 1965 m., Žuvinto palių aukštapelkės hidrologiniams tyrimams pasirinkta yra parinkti specialūs transektai.