Žuvinto biosferos rezervatas vadovaujasi Lietuvos respublikos Aplinkos apsaugos įstatymu, Saugomų teritorijų įstatymu, Teritorijų planavimo įstatymu, Miškų įstatymu, Biudžetinių įstaigų įstatymu ir kitais įstatymais, Specialiosiomis žemės ir miško naudojimo sąlygomis, Žuvinto biosferos rezervato nuostatais, kitais teisės aktais, aplinkos ministro bei Tarnybos direktoriaus įsakymais, Žuvinto biosferos rezervato nuostatais, Žuvinto biosferos rezervato ir jo zonų ribų planu, tvarkymo planu.