Rezervatuose stengiamasi nesikišti į natūralius gamtos procesus, atkuriami nebent žmogaus veiklos pažeisti gamtos kompleksai ir objektai. Šiose tritorijose taip pat vykdomos retųjų rūšių ir bendrijų apsaugos priemonės.
Žuvinto gamtinės vertybės susiformavo glaudžioje žmogaus ir gamtinės aplinkos sąveikoje. Didžiojoje pelkės dalyje žmogaus veikla nebuvo intensyvi, aukštapelkėse gausiau lankytasi nebent spanguolių rinkti, tačiau tarpinėse pelkėse, žemapelkėse šienauta, neretai ganyta.
Kelis dešimtmečius beveik visiškai nutraukus ūkinę veiklą gamtinių buveinių vystymosi pokyčiai nebuvo palankūs Žuvinto gamtos vertybėms: sumažėjo rūšių gausumas, pasikeitė kraštovaizdis.
Šlapios pievos ir atviros pelkių buveinės ypač užaugo nendrėmis, krūmais ir medžiais rytiniame Žuvinto pelkyno pakraštyje bei kai kuriose Amalvo ir Žaltyčio pelkių teritorijose nustojus jas ganyti ir šienauti. Ežero retus švendrynus pakeitė tankūs nendrių sąžalynai.
Pievoms, žemapelkėms, paežerėms ir ežero augalijai reikalingas nuolatinis dėmesys. Prižiūrint šias teritorijas, pašalinamas augalijos biomasės perteklius, kompensuojamas teršalų iš aplinkinių teritorijų poveikis, atkuriamos ir stabilizuojamos gamtinės buveinės, atsikuria paukščių perimvietės.
Vertingiausios Žuvinto biosferos rezervato teritorijos, kurios yra pažeistos arba susiformavo žmogaus veiklos dėka, yra prižiūrimos vadovaujantis biosferos rezervato Tvarkymo planu.