Žuvinto rezervatas yra pirmoji Lietuvoje įsteigta saugoma teritorija.
Rezervato įsteigimas labiausiai susijęs su žymiausio praėjusio šimtmečio gamtininko ornitologo, tuometinio Kauno Vytauto Didžiojo universiteto profesoriaus, Zoologijos katedros vedėjo Tado Ivanausko (1882 – 1970) veikla. Praėjusio amžiaus trečiajame dešimtmetyje profesorius ėmėsi tirti Žuvinto ežero paukščius, organizavo kitus gamtos tyrimus ir buvo vienas iš rezervato paskelbimo organizatorių.
1937 m. siekiant išsaugoti nykstančius vandens paukščius, Žuvinto ežere įvestas rezervato režimas. Lietuvos Respublikos Žemės ūkio ministerija nusavino Žuvinto ežerą iš privačių asmenų, jį perdavė Kauno universiteto Matematikos - gamtos mokslų fakultetui, ežere ir jo apylinkėse 1 km atstumu uždraudė medžioti paukščius ir žinduolius. Ežero apsaugai įsteigtas sargo etatas, prilygintas valstybinei etatinei vyr. eigulio tarnybai.
Prasidėjus sovietinei okupacijai, Žuvintas prarado rezervato statusą ir 1940 m. spalio 1 d. pereina Lietuvos SSR Maisto pramonės Liaudies komisariato žinion. 1946 vasario 5 d. Lietuvos SSR Liaudies Komisarų Taryba paveda Mokslų akademijai „įsteigti rezervatą Žuvinto rajone, kuris apimtų Žuvinto ežerą ir vakarinės apylinkės pelkę su miškeliu“. Įkurta pirmoji rezervato kontora Daukšių k. Žuvinto rezervato plotas – 3167,2 ha. 1947 - 1963 m. Žuvinto rezervatas priklausė Lietuvos SSR MA Botanikos, Zoologijos ir parazitologijos institutams.
Rezertvato statusas tačiau neapsaugojo paukščių ir žvėrių nuo šaudymo - Žuvintas pirmus pokario dešimtmečius buvo mėgstama sovietinės valdžios ir partijos vadų paukščių ir žvėrių medžioklės vieta.
1960 - 1962 m. Žuvinto rezervate vyko kompleksinė mokslinių tyrimų ekspedicija, kuriai vadovavo Zoologijos ir parazitologijos institutas. Tyrimų rezultatai paskelbti monografijoje „Žuvinto rezervatas“.
1963 m. Rezervato plotas padidintas iki 5428 ha, valdymas perduotas Gamtos apsaugos komitetui.
Nežiūrint rezervato statuso, Žuvinto pelkės hidroliginis režimas buvo dirbtinai įtakojamas. 1969 m. Žuvinto ež. vandens lygį pradėjus dirbtinai reguliuoti Dovinės upės šliuzu reguliatoriumi, labai paspartėjo ežero pelkėjimo ir paukščių nykimo procesas. 1965-1975 m. numelioruota ir sunaikintos šiaurinės Žuvinto pelkės dalies tarpinė pelkė ir žemapelkė, pažeistas aukštapelkės hidrologinis režimas. Taip pat nusausinta daugiau nei pusė greta esančios Amalvos pelkės. Palaipsniui nustota naudoti ežero augmeniją ir šienauti daugumą pakrančių pievų.
1979-1985 m. vykdyta antroji Žuvinto rezervato kompleksinė mokslinių tyrimų ekspedicija, tyrimai paskelbti specialioje monografijoje.
1993 m. Žuvinto gamtinis rezervatas įrašytas į Pelkių bei seklių vandenų (Ramsaro) konvencijos saugomų teritorijų sąrašą.
2002 m. lapkričio 19 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybė Žuvinto valstybinio gamtinio rezervato, Žaltyčio ornitologinio ir Amalvo botaninio–zoologinio draustinių pagrindu įkūrė Žuvinto biosferos rezervatą, kurio plotas - 18490 ha.
2004 m. Žuvinto biosferos rezervato teritorijai suteiktas paukščių apsaugai svarbios teritorijos statusas bei priskirtas vietovėms, kurios atitinka Europinės svarbos natūralių buveinių ir rūšių, gamtinių buveinių apsaugai svarbių teritorijų atrankos kriterijus.
2006 m. patvirtintas Žuvinto biosferos rezervato Tvarkymo planas, numatantis gamtinių buveinių atkūrimo darbus.
2010 m. Žuvinto ežere atsisakyta dirbtinio vandens lygio reguliavimo.
2011 m. Žuvinto biosferos rezervatas įtrauktas į UNESCO programos "Žmogus ir biosfera" pasaulinį biosferos rezervatų sąrašą.
Žuvinto rezervatui vadovavo:
1953- 1959 m. vedėjas Balys Dereškevičius
1959-1963 m. vedėjas Juozas Muraška
1963-1964 m. laikinasis vedėjas Bronius Šileikis
1965 m. direktorius R. Jankauskas
1966- 2002 m. direktorius Vytautas Nedzinskas