Natura 2000 buveinės

Visas biosferos rezervatas nuo 2004 m. yra Europos Sąjungos vertingiausių gamtinių teritorijų tinklo Natura 2000 dalis. Šis tinklas, sudarytas iš teritorijų, kuriose yra į Buveinių direktyvos (Tarybos direktyva 92/4EEB dėl natūralių buveinių ir laukinės faunos bei floros apsaugos) I priedą įrašyti natūralių buveinių tipai ir į II priedą įrašytų rūšių buveinės, bei paukščių rūšys pagal Paukščių direktyvą 79/409/EEB.

Žuvinto biosferos rezervate saugoma 16 Europos svarbos buveinių tipų: pelkiniai miškai (3600 ha), pelkiniai lapuočių miškai (572 ha), aliuviniai miškai (861 ha), skroblynai (658 ha), žolių turtingi eglynai (26 ha), aktyvios aukštapelkės (214 ha), tarpinės pelkės ir liūnai (380 ha), degradavusios aukštapelkės (1158 ha), šarmingos žemapelkės (60 ha), aliuvinės pievos (62 ha), mezofitų šienaujamos pievos (10 ha), melvenynai (7 ha), eutrofiniai aukštieji žolynai (0,4 ha).

Pagal Buveinių direktyvą Žuvinto biosferos rezervate saugomos 9 rūšys: 

augalai: dvilapis purvuolis (Liparis loeselii), pelkinė uolaskėlė (Saxifraga hirculus), žvilgančioji riestūnė(Hamatocaulis vernicosus);  

moliuskas - mažoji suktenė (Vertigo angustior);

vabzdžiai: didysis auksinukas (Lycaena dispar), baltamargė šaškytė (Euphydryas maturna), plačioji dusia (Dytiscus latissimus);

varliagyvis - raudonpilvė kūmutė (Bombina bombina); 

žinduolis - ūdra (Lutra lutra).