Visas biosferos rezervatas nuo 2004 m. yra Europos Sąjungos vertingiausių gamtinių teritorijų tinklo Natura 2000 dalis. Šis tinklas, sudarytas iš teritorijų, kuriose yra į Buveinių direktyvos 92/4EEB I priedą įrašyti natūralių buveinių tipai ir į II priedą įrašytų rūšių buveinės, bei paukščių rūšys pagal Paukščių direktyvą 79/409/EEB.
Žuvinto biosferos rezervate specialiai saugomos šios 14 į Paukščių direktyvą įrašytos perinčios rūšys:
didysis baublys (Botaurus stellaris), nendrinė lingė (Circus aeruginosus), pievinė lingė (Circus pygargus), griežlė (Crex crex), tetervinas (Tetrao tetrix), švygžda (Porzana porzana), plovinė vištelė (Porzana parva), gervė (Grus grus), tikutis (Tringa glareola), juodoji žuvėdra (Chlidonias niger), vidutinis margasis genys (Dendrocopos medius), baltnugaris genys (Dendrocopos leucotos), mėlyngurklė (Luscinia svecica), meldinė nendrinukė (Acrocephalus paludicola);
migruojančių gervių (Grus grus), baltakakčių žąsų (Anser albifrons) ir želmeninių žąsų (Anser fabalis) sankaupų vieta.
(Paukščių apsaugai svarbių teritorijų sąrašas patvirtintas Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2014 m. kovo 14 d. įsakymu Nr. D1-281)