Gamtinių teritorijų tvarkymas

Vertingiausioms rezervato pievoms, žemapelkėms, paežerėms ir ežero augalijai reikalingas nuolatinis dėmesys. Šios teritorijos prižiūrimos siekiant pašalinti augalijos biomasės perteklių, sulėtinti pelkėjimo greitį, išsaugoti retų rūšių gyvenamąją aplinką. Beveik jokios specialios priežiūros nereikia tik aukštapelkėms, miškams ir liūnams.

Ežero, pakrančių ir žemapelkių priežiūra

Žuvinto ežero ir pakrančių augalija nuo seno naudota ūkyje - žiemą nendrės kirstos kurui, vasarą pašarui naudoti alavijiniai aštriai. Aplinkos taršai didėjant, aktyvus dalies Žuvinto viršvandeninės augalijos šalinimas gali sulėtinti  ežero dumblėjimą, apaugimą, pagerina  vandens apytaką.

Retesni nendrių, švendrų sąžalynai tinkamesni vandens paukščiams perėti.

Užliejamos paežerės yra neatskiriama ežero dalis. Potvynio metu į paežeres išnešama daug susikaupusių organinių medžiagų, ežerai apsivalo. Čia neršia žuvys, randa maisto  perėti parskridę ir migruojantys paukščiai. Labai svarbu, kad tokios paežerės būtų atviros, neapaugusios krūmais ir ištisiniais nendrynais.

Kelis dešimtmečius nešienautos pelkės, apaugo juodalksniais, krūmais ir nendrėmis, kita aukštažole augalija.

Svarbiausias pelkinių ir pievų buveinių tvarkymo tikslas - susigrąžinti dominuojančių rūšių žemaūgius žolinius augalus.

Pievų buveinėse šienauti leidžiama nuo liepos 1 d. Pelkėtų vietų apsaugai ir nendrynais virtusių pelkių atkūrimui numatyti vėlyvo šienavimo plotai, kurie šienaujami nuo liepos 15 d., bei šienavimo ir pakaitinio ekstensyvaus ganymo plotai, prieš tai pašalinus medžius ir krūmus.

Ganomos pievos ir pelkės neapauga krūmais. Jas bene geriausiai išsaugo mėsiniai galvijai. Aptvaruose ekstensyvus galvijų ganymas draustiniuose ir gamtiniame rezervate leidžiamas nuo birželio 15 d., kai jauniklius išveda dauguma pievų paukščių.

Vertingi saugotini nendrynai prižiūrimi dalį jų kas keleri metai iškertant ir išvežant. Taip apsisaugoma nuo užgožiančių krūmų ir lėtinamas durpių kaupimasis. Siekiant atsižvelgti į nendrynuose gyvenančių saugomų paukščių poreikius, nendrės kertamos tik rudenį ir žiemą juostomis, paliekant neliestus plotus.

Išlaikyti pievas ir atviras pelkes šienaujant paprasčiau nei jas atkurti. 

Aukštapelkės tvarkymas

Aukštapelkės - palios, pasak vietinių gyventojų, gamtiškai palyginti gerai išsilaikiusios biosferos rezervato teritorijos dalys, kurioms daugeliu atvejų jokio žmogaus įsikišimo nereikia. Ties šiauriniu Žuvinto palių pakraščiu septintajame praeito amžiaus dešimtmetyje numelioravus žemapelkes, palios neteko labai svarbios pelkės dalies. Sunaikinta ne tik tų vietų žemapelkių ir tarpinių pelkių, bet pakito ir visos pelkės vandens režimas. Melioracijos kanalai pelkėms pražūtingi.

Pelkių degradacija dėl sausinimo (aukštapelkių užaugimas mišku, numelioruotų žemapelkių mineralizacija), ypač ryški Amalvo pelkėje bei Žuvinto pelkės šiauriniame pakraštyje.

Aukštapelkė gali išlikti tik kai vandens lygis visus metus yra arti pelkės paviršiaus. Todėl atkuriant pažeistą hidrologinį režimą Žuvinto ir Amalvos aukštapelkėse, buvo užtvenkti melioracijos grioviai ir pelkių pakraščiuose, ir viduryje.

Ryškiausias žmogaus ūkinės veiklos pelkėje padarinys - mišku apaugančios palios ir nykstančios atviros plynės. Tos vietos, kuriose anksčiau vešėjo spanguolynai. dabar yra besusiveriantis pelkinis pušynas, neretai apaugantis pelkėms nebūdingais lapuočiais medžiais - beržais, drebulėmis, net karklais.

Žuvinto aukštapelkės dalis (Miknonių palios), kuri mažiausiai paliesta žmonių veiklos, turi absoliučios apsaugos statusą - čia nesikišama į jokius gamtos procesus.

Miškų tvarkymas

Skirtingai nuo kitų buveinių, miškų buveinės Žuvinto biosferos rezervate yra natūralios kilmės. Geros būklės jos išlieka ir  nevykdant jokios žmogaus veiklos. Miškų buveinių sklypuose, kurie geriausiai atitinka miško buveinių reikalavimus, beveik nevykdomi kirtimai, šalinama tik dalis negyvos medienos. Nuo negyvos medienos kiekio miške priklauso baltnugarių ir vidutinių margųjų genių būklė. Jos reikia bent 20 m³  kiekviename hektare. Buktos miške genių apsaugai ribojami kirtimai perėjimo metu balandžio - birželio mėnesiais, plynų kirtimų biržės negali viršyti 2 ha. Brandžių ir perbrendusių ąžuolų po kirtimo 1 ha turi likti ne mažiau kaip 20.