Žuvinto biosferos rezervate aptinkamoms vertingoms rūšims, gamtos kompleksams išsaugoti reikalingos skirtingos priemonės. Visa biosferos rezervato teritorija pagal gamtos vertybes, jų pobūdį, apsaugos formas ir panaudojimo galimybes skirstoma į konservacinio (gamtiniai rezervatai, draustiniai), ekologinės apsaugos prioritetų, ekosistemų atkūrimo ir ūkinės veiklos zonas.
Biosferos rezervate svarbiausios ir didžiausią plotą užimančios zonos turi griežčiausiai saugomų teritorijų - gamtinių rezervatų statusą.
Žuvinto gamtinis rezervatas (5983 ha), esantis biosferos rezervato centrinėje dalyje, saugo didžiausią Lietuvoje pelkinį kompleksą - aukštapelkę, tarpines pelkes ir žemapelkes kartu su nepaprastai sekliu, apaugusiu vandens ir pelkių augmenija Žuvinto ežeru, Šis ežeras nuo seno žinomas kaip labai svarbi pačių įvairiausių vandens paukščių perėjimo ir apsistojimo migracijų metu vieta.
Dvi palyginti nedidelės gamtinių rezervatų zonos yra Buktos girioje. Liūliškynės gamtinio rezervato (41 ha) tikslas yra išsaugoti drėgnų plačialapių miškų su skroblais bendrijas ir Lietuvos raudonosios knygos augalų rūšių augavietes, o Buktbalės gamtinio rezervato (98 ha) – išsaugoti etalonines Lietuvos plačialapių miškų bendrijas ir Lietuvos raudonosios knygos augalų rūšių augavietes.
Gamtiniuose rezervatuose ūkinė veikla yra iš esmės draudžiama. Atskirose Žuvinto gamtinio gamtinių rezervato dalyse leidžiama atkurti gamtos kompleksus ir objektus, pažeistus dėl ūkinės ar kitokios veiklos, vykdyti retųjų augalų, gyvūnų, grybų rūšių ir bendrijų apsaugos priemones, pritaikyti lankymui gamtos kompleksus ir objektus, įrengti pažintinius takus mokomaisiais tikslais. Tačiau čia yra išskirtos ir specialūs plotai, kur visiškai jokia veikla, išskyrus mokslinius tyrimus, nėra leidžiama. Lankytis gamtiniuose rezervatuose be specialaus leidimo yra draudžiama.
Be gamtinių rezervatų, atskiroms gamtinėms vertybėms, jų kompleksams išsaugoti biosferos rezervate skirti 6 draustiniai. Skirtingai nei rezervatinėse zonose, gamtiniuose draustiniuose leidžiama ūkinė veikla, jei ji nekliudo gamtos vertybių išsaugojimui.
Liepakojų botaninis draustinis (65 ha), kuris yra rytiniame biosferos rezervato pakraštyje, įsteigtas siekiant išsaugoti pelkinių pievų bendrijas. Šis draustinis - vienintelė žinoma dvilapio purvuolio augavietė Žuvinto biosferos rezervate.
Kiaulyčios botaniniame–zoologiniame draustinyje (730 ha) saugomi žemapelkės ir liūnai, juosiantys Žuvinto aukštapelkę iš pietų pusės bei čia gyvenantys pelkių ir pievų paukščiai, viksvinių pievų bendrijos. Kiaulyčios draustinio viksvynuose aptinkamos meldinės nendrinukės - patys rečiausi Europoje nedideli paukščiai giesmininkai, retuose nendrynuose - pievinės lingės. Atviresnėse vietose išgirsi griežlių, švygždų, retkarčiais aptinkami stulgiai.
Buktos miške yra du draustiniai. Paželsvių botaninis–zoologinis draustinio (199 ha) saugo etalonines drėgnų plačialapių miškų su guobomis bendrijas, plačialapių miškų su skroblais ir blakstienotosiomis viksvomis bendrijas, juodalksnynų bendrijas, saugomų augalų rūšių, įrašytų į Lietuvos raudonąją knyga augavietes. Želsvos botaninio–zoologinio draustinio (204 ha) tikslas – išsaugoti Pietvakarių Lietuvai būdingas etalonines plačialapių miškų su skroblais bendrijas ir jų gyvūniją, Lietuvos raudonosios knygos augalų rūšių augavietes;
Žaltyčio botaninis–zoologinis draustinis (410 ha), esantis pietvakarinėje biosferos rezervato dalyje, saugo gausia ornitofauna pasižymintį tipinį eutrofinį Žaltyčio ežerą su būdinga augalija ir gyvūnija. Vandens paukščiams ši teritorija svarbi, kaip perėjimo ir apsistojimo migracijų metu vieta.
Amalvo botaninis–zoologinis draustinis (1479 ha) įstegtas išlikusios Amalvo pelkės dalies ir ežero – botaniniu ir zoologiniu požiūriais vertingos teritorijos apsaugai.
Žuvinto biosferos rezervato zonos