Visas biosferos rezervatas nuo 2004 m. yra Europos Sąjungos vertingiausių gamtinių teritorijų tinklo Natura 2000 dalis. Šis tinklas, sudarytas iš teritorijų, kuriose yra į Buveinių direktyvos (Tarybos direktyva 92/4EEB dėl natūralių buveinių ir laukinės faunos bei floros apsaugos) I priedą įrašyti natūralių buveinių tipai ir į II priedą įrašytų rūšių buveinės, bei paukščių rūšys pagal Paukščių direktyvą 79/409/EEB.
Biosferos rezervato teritorijoje inventorizuotos EB svarbos saugomos buveinės (2014 m. duomenys)
Eil. Nr. |
Buveinės kodas |
Buveinės pavadinimas |
Plotas |
1. |
3160 |
Natūralūs distrofiniai ežerai |
1,04 |
2. |
6210 |
Stepinės pievos |
2,25 |
3. |
6270 |
*Rūšių turtingos ganyklos ir ganomos pievos |
7,92 |
4. |
6450 |
Aliuvinės pievos |
93,66 |
5. |
6510 |
Šienaujamos mezofitų pievos |
113,24 |
6. |
7110 |
*Aktyvios aukštapelkės |
1382,95 |
7. |
7120 |
Degradavusios aukštapelkės |
1074,65 |
8. |
7140 |
Tarpinės pelkės ir liūnai |
347,41 |
9. |
7160 |
Nekalkingi šaltiniai ir šaltiniuotos pelkės |
9,70 |
10. |
7230 |
Šarmingos žemapelkės |
1,12 |
11. |
9010 |
*Vakarų taiga |
72,50 |
12. |
9020 |
*Plačialapių ir mišrūs miškai |
11,56 |
13. |
9050 |
Žolių turtingi eglynai |
145,43 |
14. |
9080 |
*Pelkėti lapuočių miškai |
447,60 |
15. |
9160 |
Skroblynai |
370,83 |
16. |
91D0 |
*Pelkiniai miškai |
1810,21 |
17. |
91E0 |
*Aliuviniai miškai |
169,30 |
Pagal Buveinių direktyvą Žuvinto biosferos rezervate saugomos 9 rūšys:
augalai: dvilapis purvuolis (Liparis loeselii), pelkinė uolaskėlė (Saxifraga hirculus), žvilgančioji riestūnė(Hamatocaulis vernicosus);
moliuskas - mažoji suktenė (Vertigo angustior);
vabzdžiai: didysis auksinukas (Lycaena dispar), baltamargė šaškytė (Euphydryas maturna), plačioji dusia (Dytiscus latissimus);
varliagyvis - raudonpilvė kūmutė (Bombina bombina);
žinduolis - ūdra (Lutra lutra).