Žuvinto biosferos rezervato apylinkėse, kaip ir kitur Suvalkijoje, pelkės paprastai vadinamos páliomis. Rezervate aptinkamos žemapelkės, aukštapelkės ir tarpinio tipo pelkės užima apie 10 tūkst. hektarų Žuvinto ir Amalvos pelkių kompleksuose. Pelkėtos yra ir Žaltyčio ežero pakrantės. Jose, dirbtinai patvenkus ežerą, formuojasi pelkių ir krūmais apaugusių pievų kompleksas.
Žuvinto pelkė (Žùvinto pálios), durpyno plotas 6847 ha, yra užpelkėjusi buvusio didžiulio ežero dalis. Didžiąją pelkės dalį sudaro aukštapelkė, jos pakraščiuose nusidriekusios plačios tarpinės pelkės ir žemapelkės. Žuvinto pelkėje aptiksi ir liūnų, šaltiniuotų žemapelkių.
Žuvinto aukštapelkėje (apie 4860 ha) didžiausias durpės sluoksnio storis siekia iki 8 m. Durpių sluoksnis aukštapelkėje storėja centro link, todėl jos vidurys yra net 6,5 m aukščiau Žuvinto ež. vandens paviršiaus. Aukštapelkė gan gausiai apaugusi mišku - daugiau nei pusę jos dengia skurdūs pelkiniai pušynai. Pelkės iškiliojoje dalyje vyrauja žolinių augalų bendrijos, taip pat čia auga viržiai, švyliai, gailiai, vaivorai ir spanguolės. Tik atskiros pelkės dalys yra beveik visai atviros, čia jos primena tundros kraštovaizdį. Atviriausios pelkės vietos, vadinamos plynėmis. Šiaurės vakarinėje dalyje plyti didžiulė Kumečių plynė, nuo jos į pietus - Rudės plynė. Pastaroji yra labai įdomi ir dėl to, kad per jos vidurį teka iš aukštapelkės vidurio prasiveržęs Rudės upelis. Rudės upelio slėnyje susiformavusi pelkės dalis priskiriama tarpinėms pelkėms ir liūnams. Nuo Žuvinto ežero į rytus juosta driekiasi Riečių plynė. Tačiau ši plynė gan sparčiai apauga nendrynu.
Žuvinto palias į dvi dalis dalija iš ežero ištekanti Dovinės upė. Aukštapelkėje yra nedidelis Polymo ežerėlis (0,16 ha). Iš pelkės vidurio pietryčių kryptimi išteka Rudės upelis.
Žemapelkė (viena didžiausių šalyje) išlikusi Žuvinto palių pietinėje dalyje. Ji plati, viksvomis ir nendrynais apaugusi, Žemapelkę kerta Kiaulyčios upelis, įtekantis į Žuvinto ežerą. Žemėlapyje aiškiai matyti, kad pietrytinėje Žuvinto palių dalyje, kur į pelkė įsirėžia Liepakojų kaimo kalvos, irgi plyti pelkių liežuviai. Tai tos pačios Žuvinto pelkės dalys, nors ir turi atskirus pavadinimus - Liepakojų ir Beržinės pelkės.
Žemapelkės užima didelę Žuvinto palių dalį. Nuo rezervato administracinio pastato Aleknonių kaime iki Buktos miško pietiniu bei pietvakariniu palių pakraščiu tęsiasi apie 750 ha žemapelkių, didžioji jų dalis patenka į Kiaulyčios botaninį-zoologinį draustinį. Dovinės upės pakrantėse žemapelkės sudaro apie 60 ha, o ties Liepakojų kaimu (Liepakojų botaninis-zoologinis draustinis) – 315 ha. Ypač įdomios žemapelkės yra prie Kiaulyčios bei Rudės upelių. Čia jos daug kur platesnės negu kilometras. Šios žemapelkės išdžiūsta tik labai sausą vasarą, šiaip jų augalija būna vešliai žalia. Be žolinės augalijos, žemapelkėje veši juodalksniai, karklai, o netoli Polimo ežerėlio – ir liekniniai beržai. Dar visai neseniai žemapelkės buvo ekstensyviai naudojamos – šienaujamos ir ganomos, tokia veikla yra labai svarbi čia perinčioms retoms paukščių rūšims - paprastiesiems griciukams, raudonkojams tulikams, švygždoms, griežlėms, meldinėms nendrinukėms. Deja, pastaruoju metu, nutraukus ekstensyvų pelkių naudojimą, atviros pelkės ir šlapios pievos nyksta, užauga mišku, krūmais ir nendrėmis.
Ne tokios ryškios ir turtingos Žuvinte tarpinio tipo pelkės, paplitę Žuvinto ežero priekrantės zonoje, Rudės upelio slėnyje bei prie Polimo ežero. Šio tipo pelkėse auga aukštapelkės ir žemapelkės augalai. Vyrauja žolinės bendrijos, kurias sudaro kimininiai nendrynai bei kimininiai viksvynai. Aukštapelkės pakraščiuose galima rasti tarpinio tipo kimininių viksvinių pušynų, kuriuose aukštapelkei atstovauja viržis, varnauogė, gailis, spanguolė bei vaivoras, o žemapelkei – paprastoji, laiboji ir žvaigždėtoji viksvos, puplaiškiai bei nendrės.
Į šiaurę nuo Žuvinto palių plyti Amalvos pelkė (Amalvõs pálios) su Ãmalvo ežeru. Pelkę sudaro: aukštapelkė – 47%, žemapelkė – 44%. Ši pelkė labai nukentėjusi nuo žmogaus veiklos - visa žemapelkė ir dalis aukštapelkės nusausinta. Bendras Amalvos pelkės plotas – apie 4 000 ha, durpyno plotas 3414 ha. Amalvos pelkės durpių klodo didžiausias storis 5,6 m, o vidutinis – 2,19 m. Pelkę drenuoja Dovinė (prateka pietiniu sukultūrintu pakraščiu) bei jos intakas Šlavanta –Amalvė (Šlavanta įteka į Amalvo ež., iš jo išteka Amalvė). 2011 m. atlikti šios pelkės atkūrimo, vandems lygio atstatymo darbai.
Amalvos pelkės pakraščiai - buvusios tarpinės pelkės ir žemapelkės, bei aukštapelkės fragmentai numelioruoti ir buvo paversti žemės ūkio naudmenomis. Tačiau dabartiniu metu dalis melioracinių sistemų degradavusi.