Vertingų rūšių ir buveinių būklė Žuvinto biosferos rezervate skirtinga. Pelkiniai ir pelkėti lapuočių miškai yra geros būklės. Dėl sausinamojo melioracinių sistemų poveikio aktyvios aukštapelkės užauga mišku.
Ežerų buveinių būklė pagerėjo nuo 2011 m. pradėjus eksploatuoti Simno, Dusios ir Žuvinto vandens nuopylas su žuvitakiais bei Amalvo vandens lygio reguliatorių. Tačiau Žuvinto ežero vandens lygio metinio svyravimo amplitudė 2012 m. buvo viena mažiausių per stebėjimų laikotarpį. Visų ežerų ekologinė būklė, vandens paukščių ir gyvūnų rūšių maitinimosi ir veisimosi sąlygos, daugiausia dėl eutrofikacijos, negerėja.
Svarbiausios pusiau natūralių buveinių teritorijos šiuo metu tvarkomos arba prižiūrimos pagal projektus, jose šiuo metu vykdomi tvarkymo (krūmų, nendrynų kirtimo) darbai sudaro galimybę per keletą metų pelkinių pievų buveinėms atsikurti iki geros būklės, jei tie darbai bus tęsiami.
Amalvos pelkės hidrologinis režimas tapo natūralesnis atlikus aukštapelkės hidrologinio režimo ir sumedėjusios augmenijos kirtimo darbus.
Nyksta buveinės ir rūšys, susiję su ekstensyviu žemapelkių naudojimu (ganymas ir šienavimas) – nutraukus šią veiklą, atviros žemapelkės ir šlapios pievos užauga krūmais, nendrėmis ir mišku.
Atviroms pievoms ir žemapelkėms palaikyti būtina užtikrinti tolimesnį ekstensyvų jų naudojimą, o atskirose aktyvios aukštapelkės dalyse šalinti dėl sausinimo augančią sumedėjusią augaliją, išskyrus pelkines pušis.
Rekreacijai vietos žmonės naudoja maudykles Žaltyčio ir Amalvo ežeruose, tačiau jų įtaka yra minimali.